Voor zijn voortbestaan is de Groene glazenmaker helemaal afhankelijk van Krabbenscheer omdat dit de enige plant is waarin vrouw Groene glazenmaker haar eieren legt. Dit was tot voor kort een goede en veilige strategie omdat er heel veel Krabbenscheer in Nederland en in grote delen van West Europa was. Maar door watervervuiling in de jaren 60 en 70 van de vorige eeuw is er heel veel Krabbenscheer verdwenen en daardoor is ook de Groene glazenmaker hard achteruitgegaan. Zo hard dat de Groene glazenmaker inmiddels de status van een zwaar beschermd insect heeft gekregen, en met de Groene glazenmaker ook de plant waarin de eieren gelegd worden: de Krabbenscheer. Desondanks gaat het nog steeds niet goed met de Groene glazenmaker omdat het ook nog steeds niet goed gaat met de Krabbenscheer. en niet leven op plaatsen met veel golfslag, veroorzaakt door wind of boten, want dan breken de planten van de wortels af waarna ze afsterven. Krabbenscheer is een grote en fantastisch mooie plant die in de zomermaanden door een enorme groeisnelheid in korte tijd grote wateroppervlakten kan bedekken en daarmee onbedoeld ook voor problemen zorgt. Krabbenscheerplanten vermenigvuldigen zich namelijk vooral door uitlopers. In de winter sterven de planten grotendeels af en het afgestorven plantenmateriaal kan zich op de bodem ophopen, waardoor het water waarin de planten groeien steeds ondieper wordt en op de duur ongeschikt wordt voor de Krabbenscheer. Ook kunnen de dicht opeenstaande planten in vooral nauwe sloten de waterafvoer belemmeren en zo voor wateroverlast zorgen. Door verlanding vernietigt Krabbenscheer op langere termijn zijn eigen leefomgeving. Dit gebeurt echter vooral in laagveen gebieden waar afvloeiend water van hoger gelegen gebieden zich verzamelt en stagneert waardoor voedingsstoffen zich daar ook ophopen.
In de Veenkoloniën is de situatie echter heel anders: in principe is daar alleen sprake van afvloeiend water waardoor voedingsstoffen, die uiteindelijk verantwoordelijk zijn voor plantengroei, nauwelijks de kans krijgen zich op te hopen. Er is daar wel sprake van een mestoverschot waardoor veel water overbemest is geraakt en biologisch “dood” is. Maar op een paar zeldzame plekken is de situatie geschikt voor Krabbenscheer, die daar vaak nauwelijks voor overlast zorgt!

Over de waterdiepte waarbij Krabbenscheer voorkomt wordt over het algemeen verrassend weinig concreets vermeld. Westhof, 1971 vermeldt: op beschutte plaatsen in laagveen gebieden komt Krabbenscheer voor tot 2 meter waterdiepte. Bij deze diepte blijft de Krabbenscheerplant geheel ondergedoken. Geene, 1989, vermeld voor Noordwest Overijssel in de omgeving van Giethoorn een waterdiepte tot de sapropeliumlaag van 40 tot 80 cm, met uitersten van 10 tot 150 cm. Maessen, 1994, vermeld een optimale waterdiepte van 80 tot 100 cm. De Mars en Barendregt, 1996b, vermelden een gemiddelde waterdiepte van 72 cm, met uitersten van 40 en 140 cm, bij een onderzoek in 22 petgaten in het Utrechts – Hollands plassengebied en van 32 cm, met uitersten van 10 en 80 cm, voor 61 sloten in West Utrecht. Higler, 1977, vermeldt dat Krabbenscheer in water met een diepte tussen 1 en 2 meter geheel ondergedoken blijft. Bij een waterdiepte van minder dan 80 cm groeit Krabbenscheer in de zomer deels boven water en vanaf 60 cm waterdiepte groeit Krabbenscheer geheel boven water. Naarmate het water ondieper wordt neemt het aantal planten per m2 toe. In de meeste beschermingsplannen voor Groene glazenmaker en Krabbenscheer wordt voor Krabbenscheer als waterdiepte 80 tot 100 cm vermeld, zonder bronvermelding. Uit eigen onderzoek verricht in de Veenkoloniën bleek een waterdiepte tot 80 cm optimaal voor de Krabbenscheerplanten.